La orografía del terreno condicionó el proyecto arquitectónico de la iglesia y del monasterio en general. La existencia de formaciones rocosas obligó a adaptar los espacios del conjunto monástico al terreno. Buena muestra de ello son el coro bajo y el coro alto, que presentan una distribución distinta del espacio en planta, a consecuencia del bloque rocoso de este sector.

La puerta que actualmente da acceso desde el primer vestíbulo hacia el espacio de acogida e información del museo constituía en origen el acceso principal al monasterio. Esta puerta adovelada de piedra, cuya clave presenta el escudo de la Casa Montcada —con barras y bolas—, parece ser que fue construida en el siglo XIV, formando parte del primitivo cierre del conjunto.

Este dibujo de Eudald Canibell i Masbernat, fechado el 11 de junio de 1876, constituye uno de los pocos testimonios gráficos que permiten observar la fisonomía del Conventet (a la izquierda de la imagen) antes de su transformación en el siglo XX. Se puede apreciar la antigua fachada con dos accesos, uno de ellos por encima de la cota de circulación de la calle y al cual se accedía a través de unas escaleras. También muestra que la línea de fachada del edificio no se corresponde con la actual, que ha ganado espacio hacia la plaza del Monestir y que en la actualidad presenta un cierre amurallado.

Esta imagen, realizada por Lluís Rigalt en 1842, permite observar la fachada principal del Conventet (cuerpo rectangular con pórtico) antes de su transformación a principios del siglo XX. Las primeras noticias documentales de la presencia de frailes franciscanos en Pedralbes datan de 1334, lo que hace suponer que, aunque no en este lugar, ya contaban con unas dependencias propias fuera de la clausura de las monjas.