Desde 1993 y durante once años, el dormitorio del monasterio acogió la exhibición de 78 obras procedentes de la Colección Thyssen-Bornemisza. En el año 2004, estas piezas fueron trasladadas al MNAC, y el Museo Monasterio de Pedralbes inauguró una nueva etapa con la exposición permanente «Pedralbes. Tesoros del monasterio» en el dormitorio. En este espacio se muestra una selección de obras de arte, mobiliario y objetos litúrgicos y seculares procedentes del tesoro del monasterio, que se fue creando a lo largo de los siglos, en parte gracias a la dote aportada por las novicias al entrar en el monasterio y que dejaban en herencia tras su muerte.

La documentación, el estudio y la restauración de buena parte de los espacios que constituyen el monasterio desde su conversión en museo han permitido dar nuevo valor a su arquitectura, así como remarcar sus originalidades y particularidades. Entre los numerosos espacios utilizados para exhibiciones temporales, cabe destacar la denominada «sala de la Reina» por sus características arquitectónicas y sus condiciones ambientales. 

La restauración de la capilla de San Miguel y su reapertura definitiva en el año 2018 supusieron la culminación de un largo y complejo proceso de intervención en este conjunto, que se inició con un proyecto de documentación del espacio en el año 2005 y la intervención directa sobre los murales en 2014. Gracias a la colaboración entre el Ayuntamiento, la ciudadanía y el mundo empresarial, ha sido posible la recuperación de esta obra de arte excepcional dentro de su entorno artístico. Hoy en día, la capilla luce sus vibrantes colores originales del siglo XIV, con una museografía que permite su observación directa y que, al mismo tiempo, asegura su adecuada conservación.

En el año 2005 se llevaron a cabo los trabajos de restauración de la antigua cocina. Este proceso estuvo acompañado de un estudio documental y de un seguimiento de las obras que permitieron localizar antiguas estructuras y testimonios materiales de distintas épocas, que fueron analizados, contextualizados y adaptados dentro del proyecto museográfico.

Ubicada en el primer piso del claustro, sobre la nave del refectorio, se encuentra esta pequeña celda de día dedicada a la Virgen de las Nieves. En el año 2012 se iniciaron las obras de restauración y acondicionamiento para su exhibición. Durante estos trabajos, se descubrió una pintura mural de notable calidad técnica que se sitúa en torno al siglo XIV.