Des de l’any 1993 i durant onze anys, el dormidor del monestir va donar acollida a l’exhibició de 78 obres procedents de la Col·lecció Thyssen-Bornemisza. L’any 2004, es van traslladar aquestes peces al MNAC, i el Museu Monestir de Pedralbes va inaugurar una nova etapa amb l’exposició permanent «Pedralbes. Tresors del monestir» al dormidor. En aquest espai es mostra una selecció d’obres d’art, mobiliari i objectes litúrgics i seculars procedents del tresor del monestir, que es va anar creant al llarg dels segles, en part mitjançant el dot que aportaven les novícies en entrar al monestir i que deixaven en herència després de la seva mort.

La documentació, l’estudi i la restauració de bona part dels espais que conformen el monestir des de la seva conversió en museu han permès donar nou valor a la seva arquitectura i també remarcar-ne les originalitats i les particularitats. Entre molts dels espais utilitzats per a exhibicions temporals, cal destacar l’anomenada «sala de la Reina», per les seves característiques arquitectòniques i les seves condicions ambientals.
 

La restauració de la capella de Sant Miquel i la seva reobertura definitiva l’any 2018 van esdevenir la culminació d’un llarg i complex procés d’intervenció en aquest conjunt, que es va encetar amb un projecte de documentació de l’espai l’any 2005 i la intervenció directa sobre els murals el 2014. Gràcies a la col·laboració entre l’Ajuntament, la ciutadania i el món empresarial, ha estat possible la recuperació d’aquesta obra d’art excepcional dins el seu entorn artístic. Avui dia la capella llueix els colors vibrants originals del segle XIV, amb una museografia que en permet l’observació directa i que alhora n’assegura una conservació adequada.
 

L’any 2005 es van dur a terme els treballs de restauració de l’antiga cuina. Aquest procés va anar acompanyat d’un estudi documental i d’un seguiment de les obres que van permetre localitzar antigues estructures i testimonis materials de diverses èpoques, els quals van ser analitzats, contextualitzats i adaptats dins del projecte museogràfic.

Ubicada al primer pis del claustre, damunt la nau del refetor, hi ha aquesta petita cel·la de dia dedicada a la Verge de les Neus. L’any 2012, se’n van iniciar les obres de restauració i condicionament per a la seva exhibició. Durant aquests treballs, es va descobrir una pintura mural de notable qualitat tècnica que s’emmarca al voltant del segle XIV.