A pesar de que la historiografía tradicional del monasterio cita una actuación de gran envergadura sobre la antigua enfermería en el siglo XVI, parece que los testimonios materiales analizados in situ no confirman totalmente dicha información. En ese caso, el año 1568 debería considerarse como una datación relativa para el inicio de las obras de la enfermería barroca, las cuales comprenderían el derribo de parte de las estructuras medievales y la construcción de los arcos de medio punto y escarzanos de tres puntos de la planta baja de la fachada del huerto. No obstante, pese a esta aportación del siglo XVI, la fachada y el edificio tal y como lo conocemos hoy día no quedaría terminado hasta el siglo XVII.

Resultado del proyecto barroco es la nueva cota de circulación de la enfermería, más elevada que la medieval y a la que en la actualidad se accede mediante unos escalones desde el claustro. En la fachada del claustro se localizaron los montantes de una puerta que debía de estar relacionada con un primer acceso original, muy probablemente el más antiguo conservado de este sector del monasterio. Por otra parte, en el pasillo de la enfermería también se puede apreciar el testimonio de dos ventanas doveladas de piedra, que confirmarían la existencia de una cota de circulación anterior a la barroca mucho más baja.

La planta baja de la enfermería es conocida como «las procuras del monasterio». Constaba de una bodega y establos para el ganado, y era el lugar donde se guardaba la cosecha de los huertos, el grano y otros productos, así como los aperos de labranza. Se trata de un espacio diáfano, de planta rectangular y cubierto con bóvedas por arista de ladrillo sobre una hilera central de pilares de piedra con gola. No obstante, esta distribución no se corresponde con la propuesta en el contrato del siglo XVI, y buena muestra de la existencia del cambio de proyecto es que estas bóvedas ocultan parcialmente las ventanas de la nueva fachada del huerto construida a finales del siglo XVI.

En la planta piso de la enfermería, un pasillo cubierto con tramos de bóveda de arista, al que se abren las distintas estancias, atraviesa longitudinalmente el cuerpo de la enfermería. Esta nueva organización interior debió de tener su origen hacia el siglo XVII, tal y como se deduce de la propia configuración espacial: por una parte, porque se asienta sobre las bóvedas que cubren la planta baja, enmarcadas hacia el siglo XVII, y por otra, porque la fisonomía de los elementos arquitectónicos presentes en este nivel, puertas y ventanas principalmente, correspondería a épocas más puramente barrocas.

El sector más suroccidental de la enfermería debió de construirse a lo largo del siglo XVII, y es en esa zona donde se encuentran las letrinas o «secretos», como aparecen en la documentación de la época. En la planta piso, la estructura barroca fue sustituida por instalaciones más modernas, pero en la planta baja, donde desaguan los bajantes de factura contemporánea, aún se conserva la estructura del proyecto original del siglo XVII. Se trata de una sala cubierta con bóveda de ladrillo a sardinel, a la que se abren los distintos espacios mediante el uso de canes y otras piezas monolíticas de piedra o bien de ladrillo.

En la planta piso de la enfermería se observan cuatro salas de planta cuadrangular a las que se accede desde el pasillo y comunicadas entre sí a través de unas puertas que forman un eje de comunicación longitudinal dentro de las salas. Estas salas tienen techos altos de madera y una buena ventilación gracias a los grandes ventanales que se abren al huerto. Aquí se colocaban las camas, y en las paredes aún pueden observarse algunos de los elementos moldurados que coronaban los cabezales. Cabe destacar los dinteles con bóveda de las puertas de comunicación entre las salas, así como la pequeña hornacina para colocar luminarias.

La construcción de la antigua cocina de la enfermería podría relacionarse con la colonización de un terraplén situado en el sector más suroccidental de este volumen y, por lo tanto, se enmarcaría en el siglo XVII. Este espacio es uno de los pocos ámbitos que no han sufrido muchas reformas. Mantiene su estructura original con la pila de piedra coronada por un escudo correspondiente al linaje de los Cardona, los fogones, la decoración cerámica mural y una gran campana que descansa sobre un pilar de piedra monolítico.

En la planta de las procuras se encuentra una puerta dovelada de piedra que se abre a un pasillo cubierto con bóveda de cañón rampante, el cual conduce a la cisterna del monasterio, situada en este sector del edificio. Según la documentación histórica conservada, su construcción dataría del año 1548, bajo el abadiado de sor Teresa de Cardona.