Durant la Guerra Civil espanyola, des de la direcció de la Biblioteca de Catalunya es va endegar un projecte de salvament tot aquell patrimoni documental i bibliogràfic que estava en risc de perdre’s. I una de les línies d’acció va ser el rescat de les biblioteques de diferents ordes monàstics i congregacions femenines, moltes d’elles de llarga implantació a Barcelona, que incloïen sovint, entre els volums de llurs biblioteques, manuscrits relacionats amb la vida conventual. Per aquesta raó, i després que les monges abandonessin Pedralbes,  l’agost de 1936, ingressaren a la Biblioteca de Catalunya els llibres de cor i cantorals grans del monestir, i el conjunt monàstic de Pedralbes fou declarat museu i centre de protecció de patrimoni artístic.

A banda dels llibres impresos, el conjunt de manuscrits que ingressà a la biblioteca era relativament voluminós: entre el 19 de setembre i el 29 d’octubre de 1936 se’n registraren trenta-quatre, que incloïen un seguit d’obres relacionades directament amb la vida conventual: regles de santa Clara, estatuts i constitucions de les clarisses, formularis per a les novícies, i llibres litúrgics, com els grans cantorals dels segles XVI-XVII, bellament decorats, a més de nombroses obres pietoses i d’espiritualitat. La mà d’Eulàlia d’Anzizu, historiadora i escriptora, i una figura cabdal del monestir, era present en diversos dels volums.

Agustí Duran i Sanpere  havia previst que el monestir fos la seu del que havia de ser l’Arxiu General de Catalunya, projecte que per les circumstàncies no reeixí; mentrestant, però, serví de dipòsit del Servei de Patrimoni Històric, Artístic i Científic per als arxius que hagueren de ser evacuats del centre de Barcelona. L’arxiu monàstic retornà al monestir el 1938; els volums de la biblioteca ho farien després, esglaonadament, a partir de l’any següent, i els cantorals entre 1939-1940. Finalment, Carme de Nadal, vicària del monestir, signà un rebut certificant la recuperació de la resta de manuscrits i impresos antics; en el rebut es comprometia:

“a complir las disposiciones vigentes sobre el Tesoro Bibliográfico Nacional en orden a su expatriación y enajenación sin conocimiento de las autoridades competentes, así como a facilitar su estudio a la investigación y a observar lo que en su día disponga la Junta de Archivos y Bibliotecas Eclesiásticos”.

Malgrat que la pràctica totalitat de les obres foren retornades, un dels volums manuscrits ingressats, del segle XV, romangué a la Biblioteca de Catalunya. Es tracta del patró dels capbreus del monestir durant l’abadiat de Margarita de Montcada, entre 1428 i 1431. Al llibre de registre una nota de Pere Bohigas indica “adquirido con un lote de libros”. Efectivament, el 1941, un cop liquidat el Servicio de Recuperación Bibliográfica, Felip Mateu i Llopis proposa a les clarisses de Pedralbes d’adquirir alguns volums de la biblioteca del monestir. La negociació inicial es referia a alguns llibres d’impremta catalana, però molt probablement Bohigas suggerí que en el lot s’inclogués també algun manuscrit, a canvi d’un donatiu per a subvenir les necessitats de la comunitat. Molts llibres conserven encara la signatura topogràfica d’aquell període i un paper expedit pel director de la biblioteca, Felip Mateu i Llopis, de l’any 1939.