Repliegue
(s. XVII - s. XVIII)
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Desde finales del siglo XVI, el monasterio vio cómo iban disminuyendo sus ingresos.
Solo gracias a una subvención del rey Felipe II se pudo construir la nueva enfermería, y con la ayuda del Consejo de Ciento se reparó parte del claustro, en inminente peligro de derrumbamiento, y se construyó un nuevo vestíbulo. Los conflictos de 1640 y la Guerra de Sucesión de 1714, que supuso la desaparición del propio Consejo de Ciento, agudizaron la crisis, pese a experimentar una tímida recuperación a finales del siglo XVIII.